Pelo que você informou, você possui o que chamamos de "router on a stick".
Todo tráfego que vem de um host numa determinada subnet, para alcançar outra subnet, obrigatoriamente, deve passar pelo processo de roteamento.
O pacote é enviado para o seu gateway, que possivelmente, no seu caso, está em seu roteador (LINUX). O pacote chega no roteador e então, ele faz um lookup na tabela de roteamento baseado no destino. Se ele encontrar uma entrada, ele roteia/encaminha o pacote para o destino que está na tabela de roteamento (next hop).
Imaginemos a seguinte situação:
VLAN 10: 192.168.0.0/24
VLAN 20: 192.168.1.0/24
Ambas no mesmo switch.
Switch está conectado ao roteador por uma interface fast ethernet a 100 mbps.
O roteador possui os gateways de ambas as VLANs
192.168.0.1 - gateway da vlan 10
192.168.1.1 - gateway da vlan 20
Um resumo bem resumido:
Se um host 192.168.0.10 quiser comunicar-se com 192.168.1.20, ele enviará o pacote para 192.168.0.1, o qual terá a capacidade de roteamento. Recebendo o pacote, o router procurará uma entrada para 192.168.1.20. Se estiver diretamente conectado, ele faz o ARP e, se obtiver resposta, ele encaminha o pacote para o destino.
A limitação será 100 mbps.
Direto ao ponto: Sim, todo o tráfego que não pertence a sua subnet será enviado para o roteador e a banda de sua interface conectada ao roteador é a banda que você terá disponível para essa comunicação intervlan.
Se você tem uma interface rodando a 100 mbps entre seu roteador e switch, 100 mbps será seu limite e a banda disponível para intervlan.
Caso necessite de mais banda, pode-se criar link aggregation, desde que o switch e roteador tenham suporte a link aggregation (unir mais de uma interface física para trabalhar como se fossem uma só).