Existem muitas empresas que fornecem o NetFlow, mas basicamento é uma série de comandos que você configura no roteador apontando para um servidor, ex:
http://www.cisco.com/en/US/docs/ios/12_4/netflow/configuration/guide/onf_gsg.html
Com isso você terá estatísticas de IP de origem e Destino com suas respectivas portas, portanto além de saber qual a utilização de cada link, pode saber o quanto de aplicação esta sendo consumindo.
Não é tão simples montar um NetFlow, porque além de configurar o roteador (com este exemplo acima) você precia configurar o servidor que irá receber as informações.
É possivel fazer um NetFlow sem estes comandos informados acima, habilitando apenas um cache-flow nas interfaces e coletar com um servidor via snmp.
Existem outros meios mais simples, como um MRTG que te fornece estatística de consumo de link, NBAR que fornece estatistica por aplicação.